由於馬祖列島缺少平地，傳統民居大多依山而建，昔日民眾就地採石築屋，花崗岩砌成的石厝，依山坡地勢，高低起伏，錯落有致，形成活潑、輕盈、豐富而多變化的村落風貌。

馬祖傳統聚落民居之源流是閩浙民居體系，尤其受到閩東建築影響。民居屋頂常做成四坡五脊，類似中國傳統建築中的廡殿式。一層石屋的屋頂多採用二落水（人字坡頂）的硬山封簷，其夾層作為貯物及多用途空間。馬祖民居最大特色是為防颱風民居屋面均用磚石壓瓦，或特製厚瓦，少出簷、不出簷、以女兒牆壓簷或密封簷口。屋面鋪設板瓦，板瓦不施灰漿，僅用磚石壓瓦，既防止狂風掀瓦，也便於修補更換，壓瓦石既有平整的磚石，也有不規則的亂石。瓦縫可透風，成為所謂的「會呼吸的房子」。

「一村一澳口」是馬祖多數聚落的面貌，馬祖傳統民居大都聚居天然澳口，方便漁業往返。根據自然地形，依山順勢組合建築群體；村內巷道隨坡起伏曲折，建築單體順應地形，櫛比鱗次，佈局自由靈活，構成了步移景界的空間景觀，有機形成集市街、居住街。房屋的朝向，以面海向南為主。由於用地不易取得，多為二層樓房，很少超過三層，各建築之間以花崗石塊鋪石階相連，形成獨具特色的石砌步道。

馬祖民居常以青石或花崗岩砌築外牆，雕飾腰線、窗套、牆裙柱腳等建築細部。早期也有部分民居以亂石及土坯作為外牆材料，塊石僅作牆基。民居外牆砌築方式以平砌、人字砌、勾丁砌、亂石砌等多種。外牆砌築石縫成「人」字或「丁」字形，還寓意著人丁興旺。大戶人家用青石，小康人家用莆石（莆田黃石），一般人家用亂石及泥漿勾縫。從外牆即可看出住戶的貧富。

馬祖傳統民居聚落中以芹壁最具代表性。馬祖傳統民居最具代表的建築之一是芹壁村俗稱的「海盜屋」，海盜屋地處芹壁聚落較高處，視野開闊，可將整個海岸動靜納入眼底，它的正牆是用青白石砌築，側牆用花崗石，打磨平整，做工精細，屋簷彩繪石雕，屋頂石獅盤據，內裝細膩講究。它也集合了馬祖所有的建築型式和特色，可以說是馬祖的門面。