馬祖民俗文物館位於南竿鄉清水村介壽公園內，毗鄰經國紀念館、勝利水庫與勝利山莊，依山傍水，風光靈秀，始建於民國63年，軍方撥移清水村庫房一座，草創馬祖歷史文物館，民國72年原址完成重建。目前的新館是於民國88年興工，民國93年元旦正式對外開放。

草創時期的歷史文物館

為保存馬祖文化資產，連江縣政府首先於民國63年10月於清水村勝利水庫上方興建完成一棟RC二層建築，並向民間蒐集地區文物，分類整理及陳列，供地區軍民與外賓參觀，由於受限於經費，僅具草創規模。

民國71年夏，馬防部司令官趙萬富見原館內容貧乏，不足以代表地區文化特性，於是撥款新台幣兩百餘萬元，督促連江縣政府廣為蒐集地方歷史文物，重新修飾館內陳列，並將全館分設為：民俗、景文，振武及懷德等四廳，全館四廳總樓板面積約120坪。重修工程歷時約半年完成，並分別從北竿、東莒移來清代鹽碑、東莒燈塔霧砲等古蹟，陳列於館前，於民國72年元旦重新開館。

曹常順縣長爭取工程經費

民國85年11月，馬祖首屆民選縣長曹常順，在縣議會施政報告中，正式宣示政府即將籌建馬祖民俗文物館，保存地方文化資產，他說：「先民在馬祖披荊斬棘，拓荒開墾，經營家鄉之土地，歷經千辛萬苦，用血汗來耕耘，此份熱愛鄉土，犧牲奉獻，應讓後輩體認感恩‥‥」

曹常順任內，指示文教科極積向中央爭取經費，終獲文建會同意補助一億八千萬元，規劃將馬祖歷史文物館拆除，在原址擴建新館。

劉立群縣長任內興建完成

民國87年，劉立群縣長任內，馬祖民俗文物館新建工程庚續進行，於民國88年1月動工，並隨即成立「馬祖民俗文物館籌備委員會」，由劉立群親自擔任主任委員，並委派馬祖日報社吳依水社長兼「馬祖民俗文物館籌備處」主任，負責執行搜集文物、工程監督、行政作業等籌備工作。

馬祖民俗文物館新建工程由黃長美建築師事務所承包設計與監造，新館外形仿閩東聚落建築模式，展現馬祖傳統聚落高低錯落之美，突顯地區的建築文化特色。該館於民國91年3月21日竣工，再歷時一年多的內部動線規劃、多媒體呈現、文物陳列、行政編組等工作，於民國93年元旦，由繼任的陳雪生縣長主持開幕剪綵儀式，正式對外開放。