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五月中，黑尾鷗開始求偶繁殖。黑尾鷗雌雄鳥羽色相似，但雌鳥體型比雄鳥小，雌雄成對之後，便開始交配並尋找築巢地點。築巢的階段，夫妻雙方都會撿拾乾草參與築巢得工作。
在東引繁殖的黑尾鷗族群是國內唯一的，也是目前所知在世界上繁殖位置最南的族群。
黑尾鷗通常會在陡峭岩壁上，選擇岩縫或小平台來築巢，以乾草堆砌成一個淺盤狀的巢。把巢築在陡峭岩壁上，可減少天敵的危害，來馬祖繁殖得鷗科鳥類中只有黑尾鷗有築巢行為。黑尾鷗一巢生三個蛋，孵蛋的任務由夫妻雙方輪流擔任。在孵蛋時期，通常沒有孵蛋的一方會外出覓食，或待在巢邊休息理毛，順便擔任警戒的任務。
以上資料來源..馬祖日報