一、行政組織 穩定前線
馬祖行政公署於1950年12月15日成立，福建省府派姚衍為第一任行政長，陳挺蘇為副行政長，為適應時勢，實行軍管制，並依省府核定之行政組織，將原設之區署及鄉公所撤銷，行政區域改以島為單位，設8區，除南竿、北竿、白肯(今莒光)、東湧(今東引)4區外，還含閩東北四礵、臺山、西洋、浮鷹諸區，每區設區公所，將原有保甲制度停止施行，改以村為單位，將甲改為伍，十戶為一伍，以區、村、伍為地方行政基層組織，另在白肯設督導處，代表行政公署就近指揮白肯、東湧、四霜、西洋、浮鷹、臺山等島行政權。
1953年南竿區有9村75伍，北竿區有6村50伍，白肯區6村41伍，東湧區2村10伍，四礵區5村35伍，台山區3村9伍，西洋、浮鷹兩區未統計。
此期間，在軍事第一的前提下，推展地方自治，建立選舉制度，實行村、伍長民選，訂定區民代表組織法，成立區民代表會。每村設置指導員一人，由軍方派任，教導民眾在戰時如何防護安全，擔任軍民糾紛的仲裁。
馬祖行政公署設總務科(轄經理室、副官室)、辦公室、保安科(轄軍事股、警務股、軍法股)、區公所(轄村公所、伍長、戶)、政務科(轄民政、財建、文教、戶政、稽征股)，另置督導處設督導專員，專司閩東北及東湧五區業務。
南竿區公所設於山隴，派李時福為區長、北竿由王詩芳擔任區長、東引區由張星祥擔任區長、西洋區長李貴漁、四礵區長王振基、白肯區長林功庸(8月份後由陳道茂接任)、台山和四礵區長不詳。
為健全行政組織，成立國民黨馬祖區黨部，台灣銀行馬祖儲滙處，發行直式「限馬祖地區通用」的新台幣，來穩定金融，成立物資供應處、軍聞社、軍友站、救國團直屬馬祖中隊，設南、北竿、白肯、東湧區漁會，大陸災胞救濟總會(簡稱救總)成立馬祖辦事處，救總託海軍艦艇多次運來米糧和台灣募來的衣物，轉發清寒民家，救總還代行政公署在台灣考選政教幹部。
二、民眾組訓 確保馬祖
這期間馬祖局勢，依然是劍拔弩張，時有爆發戰爭的可能，構築工事，開闢交通，後勤支援為當務之急，又正逢韓戰末期，給了我們喘口氣的機會。
列島聚集了來自各省的軍人，口音各異，大家稱他們為「兵哥」或「兩個聲」，為了確保馬祖，民衆也要併入戰鬥序列，依據中央政府頒布民眾組訓綱要，組織民眾自衛總隊，區設大隊，由區長兼大隊長，村設中隊由各村長兼中隊長，男女民衆皆編入民防隊，男18~45歲，婦女隊16~懷孕期，男45歲到60歲編入老人隊，負責擔架及滅火等工作，配合軍事需要，必要時島上軍民總動員。
常識訓練科分政治、軍事、特種三種，以不妨礙職業生活為原則，利用村民大會，民眾識字教育時間，由行政公署派員講授軍事常識，時事報導與擔架救護技術，以增進民眾急救知識。
至於軍事訓練，由公署擬定學術科教育計劃，全年分兩期訓練，由各村指導員負責教育，並請各村駐軍協助，授予技術指導，諸如運輸、擔架、救護、通訊等等，期滿舉行校閱，考核成效，以為獎懲標準。
三、財經稅收 發展漁農
海島馬祖本就地瘠民貧，加以時局慌亂，閩海封鎖，對外交通阻梗，生產幾近停頓，柴米來路斷絕，戍守官兵築工事，辛勞清苦，部隊給養尚能温飽，民間靠自種的蕃薯裹腹，大米成了奢求，好在軍民合作無間，備戰之餘，邊開荒邊尋求財源，同時釐訂稅務暫行簡則，經呈福建省府核准開征行住商貨物營業稅及屠宰稅，以為行政經費，其稅率：消耗品為6%，日常用品為5%，必需品為3%，在南竿區馬祖村、福澳村、北竿區塘岐村各設稅捐稽征所，執行稽徵業務。
1952年全年行商營業稅、住商營業稅、屠宰稅達21萬元。
本區洋面廣，海產豐，人民以海為田，但自大陸失陷後，交通梗阻，漁具補充困難，生產數量頓行減少。經濟部為挽救馬祖漁業危機，商由台灣銀行、農復會和救災總會貨款本區漁會，以解燃眉之急。
1953年全區有漁船223艘，漁網2894張，生產蝦皮13180擔，帶魚8900擔，黄魚5252擔，帶柳(小帶魚)1685擔，鯷魚7800擔，丁香魚950擔，以市擔為單位計算，每市擔為一百市斤。當時每百市斤(一擔)的時價：蝦皮300元、帶魚150元、黄魚200元、鯷魚50元、小帶魚50元、丁香魚400元。
次年生產工具較為減少，所需漁具大竹竿、竹篾、稻草、紅柴、茹榔、桐油、鐵釘、鈎釣、漁鹽、柴火、梗木等供應不足，致1/3漁船無法下海，但魚獲量適得其反在增加。
本區平原有限，土壤貧瘠，常受風災損失，居民不重農業，鄉村發展皆寄望漁業，為裨益漁業生產，行政公署曾兩次放領魚貸39萬元，貨款分配給南竿區、北竿區、白肯區(東沙和西沙漁會)。
農業方面蒙農村復興委員會設立馬祖辦事處，技術輔導農、林、水利，補助建設經費，改良作物品種，蟲害防治，農具補充，化肥施作，給農民很多新知識，產量有所增加。
四、戶政人口 教育文化
部隊進駐後，進行社會調查及清户口工作，行政公署成立後，先行舉辦戶口總登記，再行核發國民身分證，辦理五戶聯保及口卡管理，製發國民出生登記證，務使村無漏戶，戶無漏口，以期管理適宜，組織嚴密。
1952年3月行政公署各區人口統計如下：
南竿區871户，4112人；北竿區637户，2730人；白肯區563户，2818人；東湧區171户，708人；浮鷹區239户，1110人；西洋區568户，2993人；北礵區266户，1226人；臺山區86户，362人，8區總人口數，16059人
職業方面：業漁2647人、務農2028人、工380人、商759人、公務253人，餘為自由職業及其他服務業，而未滿13歲或逾70歲不在統計内。
島嶼地處荒僻，早年無教育設施，為啟發民智，興辦國民學校，普及教育，初設國校初級和中級班，並於各校附設國語補習班及民眾識字班，凡成年男女，均予以補習教育，學齡兒童強迫入校，所需課本，均由台灣省教育廳供給，雙人課桌椅，黑板、保健箱，央請農復會補助。
1953年，行政公署各區教師人數及學生數統計如下：
南竿區9校15班，男女學生數574人；北竿區7校7班，學生數367人；白肯區4校5班，學生數205人；西洋區1校2班，171人。
五、陣地部署 確保馬祖
國軍兵力散處各島山巔、海灣、港口，初來海島的官兵，思鄉心切，情緒不穩，對岸在叫囂「解放金馬」，海島公教份子也複雜，軍公教一律寫自白書表明身分清白，效忠政府。
守備區時期，首任指揮官由海軍巡防處上校處長關鏞(後任吳志鴻)，接任者為步兵第92師少將師長李毓南，行政公署時期指揮官由步兵第13師少將師長劉明奎接棒，之後交給第18師少將師長孟述美兼任，此時期馬祖列島有守軍6千人(不含海保縱隊防守的區域)，事權歸金門防衛部節制。
當時，國防部大陸工作處處長鄭介民，跟美國駐台西方公司聯繫配合，由西方公司提供西肯島海保縱隊裝備，包括湯姆式衝鋒槍和無後座力炮等輕裝備，以及電台通訊器材。
1951年，17位美國西方公司人員進駐西莒，游擊隊在青蕃半山腰，代蓋招待所，青蕃(青帆)港，常有來自台灣的水上小飛機前來補給，游擊隊靠著幾艘捕漁的機帆船和唯一的一艘鐵殼船，加上西方公司提供的裝備，間歇潛入大陸，進行游擊行動。甚至二度攔截外籍商船，引起國際公憤及聯合國關注。
時任國防部總政治部主任蔣經國先生蒞臨莒光島，寫下「人窮志不窮，島孤人不孤」的墨寶，贈海保縱隊司令王調勳，以激勵士氣。
這年12月寒冬，經國先生夫人方良女士率台灣婦女勞軍團，搭乘運補艦前來白肯勞軍。
駐紮本區的海保縱隊還自創《東海日報》，以油印發行，是本區最早發行的報紙。海保縱隊在青蕃村修建「山海一家」(又稱海屋)房舍，是地區最早官兵休閒場所，有中山室、桌球室、會議室、攝影部等，還成立列島心戰工作會報小組。
馬祖行政公署執行約2年8個月，這期間，因防禦線長，海域廣，兵力調配不足，軍事上東湧以北的西洋、浮鷹、四礵、臺山列島4區相繼失守，西洋區長李貴漁、四礵區長王振基成仁，行政區由8區縮減一半。
1953年4月，蔣總統偕夫人首次訪問馬祖，瞭解軍事部署，垂詢官兵生活，瞭解民瘼。並決定主動撤出海南島，舟山群島之國軍部隊，縮短防線，集中兵力，鞏固台澎金馬，又給馬祖憑添了一劑強心藥。
行政公署末期，本區發生人與人的猜忌，曾為蝦皮案或互告貪污情事，5月，行政長官姚衍被陳戈槍殺，職務由俞域人接任。8月撤銷了馬祖行政公署，取而代之的是「閩東北行署」。
