常用轉機航線與時間
• 第一段（澎湖金門 ➔ 台北松山）：由立榮航空或華信航空執飛，飛行時間約 50 至 60 分鐘。
• 第二段（台北松山 ➔ 馬祖南竿或北竿）：由立榮或華信執飛，飛行時間約 50 至 55 分鐘。
• 總花費時間：包含轉機、候機與安檢，單趟交通通常需要約 3 至 5 小時以上。
特殊包機狀況
• 離島間若舉辦大型聯合賽事或特殊活動（如離島運動會），相關單位會協調專案包機直飛（航路W6 ➔A1 ➔W8，多繞經澎湖上空或台灣西海岸再西飛馬祖，澎湖至馬祖飛行時間約1.5小時，金門至馬祖飛行時間約 2 小時），但這屬於短期活動限定，並未開放例行性商業售票。
若申請走中國大陸民航局位於臺灣海峽中線西側的M503航路（上海飛航情報區），約可省下一半的飛行時間。但包機費用是否有所不同，不得而知。
若是台灣的民航公司、私人飛機或因離島特殊活動（如金門、馬祖、澎湖聯合運動會專案直飛包機）需要申請飛越M503航路該區域，流程如下：
•第一步：向地面作業階段提出飛航報告
民航公司或民用航空器飛行員需在起飛前，向中華民國交通部民用航空局的飛航服務總台提出「飛航報告書（Flight Plan）」申請。
• 第二步：取得外交/國防專案許可（若適用）
若是涉及跨越特定管制區或特殊的離島直飛包機，必須獲得外交同意許可證明、民航局及國安/國防單位的專案審查。
• 第三步：由航管進行國際情報區交接
飛機起飛後，由台灣的台北飛航情報區（Taipei FIR）引導，在進入海峽中線西側前，轉由上海飛航情報區（Shanghai FIR）接管航管導航。