暫且不論經常停航、備受詬病的「安麒2號」，單就黃岐候船大樓的服務品質與動線規劃而言，多項問題十年來始終存在，明顯可見，卻遲遲未獲改善。
第一、行李推車數量嚴重不足，迫使旅客提前「佔車」。疫情解封後，跑單幫活動興起，每日進出黃岐帶貨人數動輒近百。吉順10號下午3點開航，但往往中午前便已有旅客攜帶行李到港口「卡位佔車」，白白耗費大量時間。這種幾乎天天上演的亂象，司空見慣，卻始終不見主管單位正視處理。
第二、售票櫃台未規劃明確排隊動線，也未設置號碼牌制度，管理失序屢釀爭議。下面這張12月7日拍攝的照片顯示，旅客在三個櫃位前各自排隊，卻因須等候工作人員上班，才得知實際開放的售票窗口，當天甚至因此爆發排隊順序的爭執。事實上，解方並不困難，基隆西二碼頭早已行之有年的號碼牌制度，讓旅客取號後依廣播指示購票，秩序井然、便民有效。如此成熟且低成本的作法，實在沒有理由無法在黃岐複製推行。
第三，外候船室長期擁擠狹小，內候船室卻幾乎閒置，空間使用極不合理。其實，候船大樓內部相當寬敞，旅客自外候船室通過X光機前往海關時，必須穿越一處幾乎空置的內候船室。只要開放該空間並增設座椅，便能立即有效紓解候船人潮。這樣的改善不需龐大預算，也不涉及複雜工程，差別只在主管機關是否願意正視問題、付諸行動。
疫情解封後，福州已成為馬祖居民的「後花園」，近年來黃岐的客貨流量大幅成長，有目共睹。時至今日，黃岐的重要性早已超越琅岐，堪稱福州對外的重要「門面」。上述各項改善，技術門檻不高、成本有限，卻遲遲未見落實，實在令人不解。畢竟，黃馬小三通已堂堂邁入第十年，俗話說「十年有成」，希望別再原地踏步了。