早在12月18日，就有民眾在馬祖日報馬上處理發文質疑，標題直指：「小三通優惠票自明年起回歸民政處執行，名義上是回到制度正軌，實際上卻是行政效率的明顯倒退」文中更一針見血地指出：「對照金門在小三通運作上的成熟度與便民思維，兩者差距彷彿不是三十公里的海峽。」
以金門為例，確實是「沒比較沒傷害」。如果小三通真如交旅局所稱屬於「國際航線」，就應完全回歸市場機制，那麼金門縣政府也不該補助縣民、老人與身障者。然而事實正好相反：金門仍然維持縣民票、敬老票與博愛票等多種補助機制，在市場運作與縣民福利之間取得平衡。
民眾對這次制度改變的反彈，其實理由非常具體。第一，補助實質縮水：新制下，每人每年補助上限為2500元；舊制則未限制搭乘趟次，對經常往返、從事跑單幫的民眾而言，影響尤為明顯。第二，苛政擾民：原本補助由船公司統一向縣府請領，如今卻改為每位乘客自行向鄉公所申請，流程大幅複雜化，必須填寫申請書，附上入出境證明、身分證影本、往返船票票根，還要檢附金融機構存摺封面影本。
更令人困擾的是，申請還設有嚴格期限：1月至11月搭船者，必須在12月5日前申請；12月搭船者，須在年度結束前完成申請，逾期一律不受理。這對誰最不利？恰恰就是小三通的主要客群老年人。多數長輩連文件影印、表格填寫都需要子女協助，如今從「船公司一次處理」變成「每個人自行跑公所」，這不是擾民，什麼才叫擾民？
同樣是小三通，同樣被定位為準國際航線，也同樣存在跑單幫產業，金門縣政府選擇在市場與福利之間取得平衡，持續補助縣民、敬老與博愛票；連江縣政府卻以「回歸國際線市場機制」為由，改為申請制，減少補助、製造麻煩。民眾自然要問：金門能，為什麼馬祖不能？還是王忠銘縣長自認勝券在握，嫌選票太多了？
好奇怪什麼都要跟金門做比較。
利用補助從事營利行為本就不可
取。
李潘潘 wrote:
馬祖跟金門的自主財源能比嗎？
好奇怪什麼都要跟金門做比較。
利用補助從事營利行為本就不可
取。
的確縣府可以用「自主財政不足」為由，縮減補助。但這次改變制度的理由卻是「回歸國際線市場機制」，而非自主財政不足，難以服眾。
其實早先對於老人和障友的補助，馬祖就已不如金門（請看下圖），差別更大的是，金門補助全部65歲以上老人和障友，而馬祖只補助縣籍老人和障友，而且半價並非真正半價，而是比半價更高一些。這些多數民眾都能接受，畢竟馬祖不如金門有錢，也就不計較了。現在引起民怨的原因之一，是必須自己向鄉公所提出申請，想想看，多數老人和障友他們都是弱勢，這不是找他們麻煩嗎？
呷好倒相報。
住台灣的長者走小三通最划算，機票半價，船票也半價。
歹勢！
那是金門，不是馬祖…膩。 （高雄腔）
所以金門的小三通票價才是合法,而馬祖並不合法
這個補助沒有依據適 或適用， 回歸民政 權責關係老人 身障 業務。
議員可以當政績搭小三通免錢