漫長的5年，斥資逾千萬元，歷經3家公司撰寫和修改程式，這套系統仍無法正常運作，已屬奇葩。今年2月更發生個資外洩，造成許多無辜民眾被詐騙，單人被騙最高金額達23萬元。
由於新華公司使用第一代線上訂位購票系統，2月詐騙事件發生後，交旅局要求轉換新系統，3月啓用，却出現更嚴重問題，新系統只能接受90張訂位，因為其他份額已被南竿和東引佔用，並且無法先訂床位再開放座位。3月31日臺馬之星和臺馬輪雙開，正值新舊系統轉換，出現超賣，退費又造成新華公司損失約9千元。因此，4月1日新系統也停用，而公司內部作業仍依賴舊系統，但舊系統作業超慢，因此造成電話滿線，無法解決。
2021年11月1日馬祖日報報導「馬祖e點通 交旅局斥資800萬進行系統功能優化」，交旅局表示，新系統於10月19日議約，預計2022年3月完成系統優化。原本已穩定使用第2代系統的南北海運公司，去年8月轉換第3代系統。半年多以來，問題不斷，不但未達「優化」的目標，反而造成人力重大負擔，現在為了核對訂單和金流，工作人員經常需要加班，疲於奔命。至於砍掉重練的機台，操作、購票和退票，仍有諸多問題，而船票重新設計，比照高鐵，取消存根聯，也造成查驗船票的困擾。
人們總是健忘，政客更是如此。2018年8月16日馬祖日報頭版大篇幅報導「馬祖e點通正式啟用 海上交通智慧化」，啓用典禮在基隆舉行，冠蓋雲集，場面隆重。結果5年過去了，非旦智慧化目標未能達成，更造成個資外洩、民眾受騙、新華公司電話訂位滿線、南北海運需加班等更多問題。這場歹戲拖棚的悲劇，還要上演多久？新上任的縣長王忠銘，請給縣民一個答案吧！
二、 針對近來旅客、鄉親反映新華訂位電話滿(佔)線致撥打困難一事，本局及連江航業依約函知新華增開電話線路提供旅客、鄉親訂位，期間造成旅客不便深表歉意，並持續關注後續改善事宜。
系統更新...開放外測越來越好叫『優化』，內測不達標，越來越差上架叫『惡化』？
毛毛蟲蛻變蝴蝶，也要一個過程...只是毛毛蟲只有一次機會，訂位系統可以無限復活？
旺季還來這一齣，交旅局...你會把地方鄉親、自由行、旅遊從業人員搞死？
13分鐘=多少人打不進線
這是沒人接電話嗎??根本就是系統龜速
上面那個交旅局的回應有夠好笑，叫新華加100條電話線有用嗎，不就是200人一起看系統乾瞪眼
那個一直反應打不進去的，就是因為業者處理不了已在電話中的客人。
13分鐘非常漫長，客服人員不斷的道歉，一直說不好意思再等等系統還在跑諸如此類
13分鐘，客服人員還是很有耐性的回答我們第一次去馬祖玩對離島航班、取票、搭乘的時間各種問題
希望業者的委曲大家都可以幫忙他們出聲。
系統真的太龜速了啦!!!!!
交旅局一句請業者增開電話線是??
怎麼不說會盡快請廠商將購票系統網頁修復
都優化多久了
孩子都要生出來了
系統還在陣痛期???
況且新台馬輪早就規畫今年開航了
都沒預做準備？？？
購票系統網頁可是主打好簡單呢
新華還採人工手抄訂位資料
還告訴我，等一下系統動了，再幫我入，有什麼位置就入什麼，
因為系統繞轉中看不到還剩什麼床位
不好意思讓我等太久浪費電話費
上面的交旅局不要官腔回答官僚作為
我就問系統什麼時後可以修復，
花了這麼多納稅人的錢
系統還作成這樣2266
系統商不用出來面對嗎??
爛透了
照交通部門這種處理方式，起碼還要拖幾個月才能解決。
縣府要不要規定從今天起出差一律搭船
看系統會不會3天就修好?