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二十一世紀的今日，觀光產業已成為全世界最主要的一項經濟活動，而馬祖亦不落人後的積極投入觀光事業之發展，然而以往傳統的發展方式，由於缺乏保育生物多樣性與尊重文化多元性的結果，僅存的完整生態體系與全國絕一僅有的閩東文化氣息更顯得脆弱與彌足珍貴。業此，當機應是馬祖觀光事業發展需面臨全盤重新檢討定位其發展方向的關鍵時刻。而以觀光產業而言，唯有妥善地規劃、利用、管理觀光資源，並尋找生態環境、社會結構與產業發展間的平衡點，才可能達成永續發展的願景，生態旅遊的發展模式便是在永續的架構之下提供一個可行的方向。
馬祖在其生態環境上有優沃的自然條件，而如何掌握現有之優勢與契機，掩護劣勢、避免外在的威脅，提供世人一絕佳進行生態旅遊之環境，則需加以審慎的規劃與評估。本計劃有鑑於此，特別針對國內外生態旅遊推動與發展，以及目前馬祖生態、人文環境之相關文獻著手進行有系統的比較分析，咸信對增進生態旅遊之瞭解與以及未來馬祖生態旅遊之發展有一定之參考價值。
二、生態旅遊之簡介
(一)生態旅遊之發展
生態旅遊之雛形是「生態性旅遊」(Ecological Tourism)，是1965年Hetzer在反思當時文化、教育和旅遊的基礎上提出的旅遊發展策略，他認為生態旅遊有四個要點：減少環境影響，增強對當地文化之尊重，利益能夠回饋至當地居民，滿足參與者之遊憩需求。
在20世紀70年代中期加拿大政府對高速公路沿途進行生態功能分區，開始發展「生態旅行」(Ecotour)。而正式把生態旅遊(Ecotourism)作為一個專業術語則是世界自然保護聯盟(IUCN)之顧問Ceballos-Lascurain於1983年提出。自此而後，生態旅遊開始濫殤，延伸出很多相類似的旅遊形式及相近的名稱。例如：野生物旅遊、自然旅遊、環境朝聖、綠色旅遊、自然導向的旅遊、文化旅遊等。這些旅遊形式都與自然相關連，其目的皆是為了減少傳統旅遊方式對生態環境或當地文化之衝擊。
進入了21世紀以後生態旅遊獲得更廣泛的關注，生態旅遊進入一個全面發展的嶄新階段。在聯合國宣佈2002年為國際生態旅遊年之後，世界觀光組織及聯合國環境規劃署共同推動以生態旅遊為主之發展策略，達成保育生物多樣性的目標，聯合國希望藉著全球的參與重新檢討生態旅遊與永續發展的關聯，進行經驗與技術的交流，以期改善生態旅遊的規劃、發展與經營管理，並藉著適當的行銷策略來推廣正確的生態旅遊，自此生態旅遊已成為全球響應的一種觀光發展模式。
(二)生態旅遊之定義
生態旅遊的概念自1983年提出至今，各時期的專家學者分別從不同角度對其進行詮釋，各抒己見，然而依據時間順序及其內涵發展過程，楊桂華等將其歸納分為下列四個階段。
第一階段，以Ceballos Lascurain定義為代表，「生態旅遊」是指到相對未受人為干擾或污染的自然區域進行特殊目的之研究、欣賞及體驗風景、野生動植物；並關注旅遊地過去及現在的文化之旅行。該定義指出生態旅遊的對象是自然區域。
第二階段，以國際資源組織的定義為代表，其認為生態旅遊是以欣賞自然生態之美為目的，同時付出關懷大地之行動。他們的定義進一步明確了生態旅遊對象不應受到負面影響。
第三階段，以國際生態旅遊協會的定義為代表，其表述為生態旅遊是遊客到自然區域的一種負責任的旅遊，這種旅行不僅要求保護生態環境與地方文化的完整性，而且必須將利益回饋到當地居民。分析其意涵，生態旅遊是一種「負責任」的旅遊，生態旅遊除保護自然生態環境之外，需要將利益「回饋」至當地居民。
第四階段，以第一屆東亞地區國家與自然保護區會議提出之定義為代表，其為生態旅遊係指：遊客到自然的旅遊地點旅遊，提供解說使遊客能夠理解、珍惜和保護自然和文化區域，同時對其自然生態或文化環境不會造成負面影響。分析其定義，其新的觀點在於提供遊客環境教育機會以增強環境認知進而促進保育生態的行動。
劉宗勇指出生態旅遊是一種兼具生態保育及休閒遊憩的活動，屬於自然取向，透過教育和解說，引導遊客體驗生態之美，認識其重要性並共同保護資源的深度旅遊方式，惟生態旅遊地區環境脆弱，需建立相關規範，以避免環境遭受破壞，確保生態資源永續利用。
國內生態旅遊的發起者－陳章波博士，給予較貼切自然思維的定義為：以自然原鄉環境為基礎，建立在保育、管理與教育之上，並結合文化與產業，使地區得以永續發展的旅遊方式。它不僅滿足了我們對探索、研究和欣賞的需求，也教育了我們熱愛生命及維護棲地的行為。
生態旅遊乃為與傳統的大眾旅遊有所區別而生，它們在觀光旅遊之吸引資源面、遊客的需求面和旅遊方式等方面，有截然不同之區別。大眾旅遊作為一種大眾化的消費方式，主要特點是遊客人數眾多，旅遊路線為大眾所熟悉、產品標準化程度高，旅遊經營者往往採取薄利多銷的策略。而生態旅遊的特點是特殊設計的產品以滿足對生態環境興趣之遊客的需求，經營者以「質量」而不是以人數之擴大來增加旅遊之收入。
三、馬祖之生態、人文環境簡介
(一)地理位置
馬祖列島介於北緯25度55分至26度44分，東經119度51分至120度31分之間，位於台灣海峽的西北西方，正對著大陸福建省閩江口。馬祖列島係由35個島嶼所組成，主要島嶼為南竿島、北竿島、東莒島、西莒島、東引島、西引島、高登島、亮島(浪島)、大坵島、小坵島等10個島嶼，以及環繞各島之小礁嶼，總面積約為29.52平方公里，其中以南竿島10.4平方公里最大，連江縣政府就設於南竿島上，南竿島現在與未來均是馬祖的政經文教中心。馬祖列島中最北的島嶼為東引島，最南則為東莒島，其南北間距約為54浬，因此馬祖海域面積相當遼闊，總面積廣達6 520平方公里。
(二)人文歷史資源
馬祖地區由於其特殊的地理區位環境，長久以來語言、生活、風俗及建物均受閩北影響，孕育出本地特殊的文化與風貌。早期馬祖地區的歷史發展完全是以漁業為主，業此在馬祖地區遺留有相當豐富的漁業文化，如澳口聚落、古道等；民國38年國共分治後，隨著戰地政務的實施，馬祖與大陸關係中斷，加上大量人口移居台灣，許多舊聚落、歷史遺蹟便因為缺乏使用與維護而逐漸毀損，在此同時馬祖更因其地形險要，在大量基於軍事考量的建設下，原來的漁村轉變成為軍事要地，戌守疆界的將士成為列島的主要住民，馬祖地區特有的戰地人文景觀在此時期逐漸成形；民國81年解除戰地政務後，馬祖特有閩北傳統文化及戰地特色，更顯的彌足珍貴。
(三)鳥類生態
由於馬祖列島的地貌明顯缺乏河川、湖泊、沼澤及任何濕地，使得馬祖不論是留鳥、過境鳥或冬候鳥，其種類絕大部份均以森林性鳥種與開闊地鳥種為主，濕地型的鳥類極少；以馬祖陸棲性的鳥類來說，其出現頻率最高、數量最多的地方，則往往與水庫及開墾後的菜園有密切關連。
此外，馬祖大部份的島嶼面積狹小，又崎嶇不平，沒有淡水，不適合人類居住。以往因軍事的需要，有些島嶼常被國軍用來當做射擊訓練的目標。但隨著戰地政務的解除，這些無人島嶼也回歸自然，在沒有人為干擾的狀況下，大海中又有豐盛的食物來源，使得這些無人島嶼成為海鳥繁殖的最佳處所。根據調查，估計每年總有上萬隻的鷗科鳥類前來這些無人島嶼繁衍下一代。
紀錄中在各列島上繁殖的鳥類計有白眉燕鷗、鳳頭燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、黑尾鷗、岩鷺、叉尾兩燕等七種，其中黑尾鷗繁殖紀錄為全國獨一無二、珍貴無比，此外更有稀有鳥類如紅喉潛鳥、大水雉鳥、穴鳥、短尾水雉鳥、丹氏鷺鶿、黑頸鷿鵜、海秋沙、唐白鷺等均有在島礁上停留的紀錄；其中值得的是，被世界鳥類紅皮書列為瀕臨絕種的黑嘴端鳳頭燕鷗，於八十九年於此被發現更被喻為全球鳥類生態史上的盛事。
(四)植物生態
馬祖地區包含四鄉五島及鄰近小島，由於過往的開發史與火成岩及變質岩的地質，加上風浪的侵蝕，島上受機械風化之影響比化學性風化現象為大，故土壤化育程度也相對較差，對一般植物的生長及森林演替而言比較不利，因此部份地區仍維持在演替初期的草生地狀態；而各島的迎風坡面或是海岸山坡處，季節性強風對其影響較大，多處植被呈灌叢狀；有些則是因為地處西南方加上又是背風坡，減少強風的吹襲，因此森林也發展的較茂密高大；另外在海崖地形甚為發達的馬祖，在局部地區也會出現與台灣相似的沙灘與附屬其上的海濱草本植物社會，因此，整體而言馬祖地區的植被可分為人工林、片狀天然植群、海岸峭壁灌叢、海山坡草生地、沙灘主要五種。
(五)海域魚類生態
馬祖海域由於位於福建省閩江口，大量河水注入海中帶來豐沛營養的無機鹽類及有機物質，使馬祖海域的營養鹽含量豐富，漁產也相對提高。此外馬祖也是東海與南海的交接地帶，受到季節性的夏季南海水團北上及冬季的大陸(閩浙)沿岸冷水流南下的影響，形成暖流與寒流在此交匯，為多種經濟魚類索餌、生殖及越冬洄游的必經之地。主要的魚種計有帶魚、鯧魚、黃魚、鮸魚、白力魚、鯛魚、鰻魚、紅斑、丁香魚、烏魚等。
另外，較引人注目的是近年來，發現馬祖海域有鯨豚之出沒。目前鑑定出之鯨豚種類計有偽虎鯨、露脊鼠海豚，以及其他尚未鑑定出之豚科。其中偽虎鯨，及其他尚未鑑定出之豚科主要為洄游經過馬祖海域，並非定著種，出現之高峰期為春季。而露脊鼠海豚則為馬祖海域定著種，出現之高峰期為春季、冬季。
三、馬祖發展生態旅遊之SWOT分析
為探討馬祖地區發展生態旅遊之有利條件，研擬未來發展之策略，特以SWOT分析其內外在環境因素對其可能造成之影響，以確切掌握現有之優勢與契機，掩護劣勢、避免外在的威脅，確立馬祖地區生態旅遊永續發展之利基。
SWOT由Strength(優勢強項)、Weakness(弱勢)、Opportunity(機會、助力)及Threat(威脅、阻力)等四個單元所組成。前兩者為內部條件，後兩者為外部條件，故SWOT即為內外發展條件，所以一地區或產業之SWOT便決定了其可以發展之內部能量與外部機會。SWOT條件好，則需要這些條件發展之項目便可以快速發展，或是可以較快達成目標。SWOT分析係以全體主要之發展條件為其描述與分析之對象，亦即影響強度較大，或其優劣勢或阻助力較平均大很多之條件項目。
馬祖生態旅遊發展之優勢主要是其位於世界著名舟山漁場之南端與閩江口之外側，蘊孕出豐富的海洋資源。四鄉五島保有豐富之生物多樣性；海岸景觀多元、海水潔淨，灣澳天成利於發展海洋遊憩活動；閩東傳統濱海聚落之海洋文化全國獨一無二；戰地文化訴說歷史之滄桑；地區宗教文化多元別具特色；賞燕鷗之海上旅遊效應；社區民眾共同參與性高；夏季旺季颱風亦很少吹到本地；適宜發展海釣等項目。
馬祖地區發展生態旅遊最嚴重之問題莫過深受氣候影響，一年旺季僅限於5?9月，其餘諸月深受東北季風侵襲發展受限；以及人口外流，年輕勞動力嚴重缺乏。此外，發展生態旅遊之軟硬體設施仍不具完善，海陸休閒產業亦不健全。
離島建設條例通過與國民週休二日與生活水準提高帶動之觀光休閒活動，對於本身即是島嶼非常適合發展觀光之馬祖而言，生態旅遊之推動既可維護馬祖地區自然生態的多樣性、地區文化傳統的保存、自然資源之永續利用，避免遊憩對環境與文化的衝擊，同時達成地區經濟、保育生態與環境教育兼具之目標。
馬祖觀光旅遊之發展當前深受離島交通不便，直接增加遊客之旅遊成本，間接影響消費物價等之威脅，仍有待整體產業策略聯盟之整合以降低遊客之成本，增加遊客蒞馬旅遊之誘因。
綜合上述之SWOT分析，瞭解馬祖地區目前與未來發展生態旅遊可能之狀況，有優勢與契機，但須密切注意本身之劣勢與存在之威脅，確立馬祖生態旅遊永續發展之利基。
四、馬祖生態旅遊之規劃
綜合上述國內外生態旅遊之發展概況、規劃生態旅遊之原則，以及馬祖本地具有之生態旅遊資源特性，馬祖足以規劃為生態旅遊之項目有：東引海洋生態旅遊、燕鷗保護區生態旅遊、閩東歷史人文生態旅遊、馬祖生物多樣性生態旅遊四項。
(一)東引生態旅遊之規劃
1.海岸(蝕)奇景
東引之海岸地質結構均為火成岩，其形成方式可分為深成岩與火山岩，其中主要岩石以深成岩為主，分布區或較廣；火山岩之斑狀安山岩分布區域較小，玄武岩則以侵入岩脈，水平、垂直或傾向方式侵入於深成岩中。玄武岩經風化後生成粘土或紅土，相較於二側堅硬的深成岩較為柔軟，所以成為主要侵蝕之處。依照侵入方式區分，水平方式多形成濱台上的海蝕溝；傾向或垂直方式，則形成海蝕洞、海蝕門；而玄武岩門頂則因崩塌後形成海蝕柱，非岬角處則易形成海蝕洞。如此，犬牙交錯、海蝕柱林立的地質景觀勾勒出一輻圍繞東引島之美景。
其中頗具勝名的計有烈女義坑、燕秀潮音、海現龍闕(潛龍鬧海)、觀音面壁、一線天等。
2.海釣
馬祖最具地方特色的生物資源是豐富的漁場，由於位處世界著名漁場－舟山群島西南端，暖寒海流相匯，漁產豐饒，並因花崗石岩岸地形，海水全年清澈，形成優良之磯釣場，黃雞魚、黑鯛、黑毛、鱸魚、黃魚、黃鰭鯛、嘉鱲、紅魽等都是本處常見的經濟魚種。
(二)燕鷗生態旅遊之規劃
馬祖列島位居大陸弧形沿岸的中段，是遷移性候鳥南來北往之中繼站。每年秋季，成千上萬的鳥類由中國東北、韓國、日本及西伯利亞來此過冬或過境；春季，候鳥北返，又是另一波的高潮。而為數眾多的鷗科夏候鳥，每年五月會準時來到馬祖各無人島礁上繁衍，為馬祖的炎炎盛夏帶來栩栩生氣。
根據連江縣與中華民國野鳥協會於85年調查結果顯示，馬祖地區鳥類計有20目54科259種。其中夏候鳥白眉燕鷗、蒼燕鷗、紅燕鷗都屬於珍貴稀有鳥類，而黑尾燕鷗在東引的繁殖地，是全球繁殖的南界；尤其民國八十九年六月間，傳說中的「神話之鳥－黑嘴端鳳頭燕鷗」現身北竿無人島礁，更是受到國際矚目。
(三)閩東人文生態旅遊之規劃
1.馬港天后宮
馬港之天后客現址，傳說昔日「媽祖」林默娘投海救父，負父屍漂流至此，南竿民眾感其孝心為其立祠祭祀，平日香火鼎盛，為馬祖地區最具代表性之廟宇。確實建廟年代已不可考，由殿中媽祖墓石觀之可證已有相當久遠歷史。天后宮歷經多次翻修，民國32年年仙遊人土張逸舟重修，後因駐軍不慎農祝融之災，復於民國52年由軍方工兵協建，採水泥建築加之工拙劣，傳統閩式建築復已不存。民國89年馬祖境天后宮管理委員會、馬祖雲台文化協會開始籌備天后宮重建事宜，特以專案向陸委會申請，特聘一流大陸傳統技藝師傅17員，包括有石雕、木雕、彩繪、古建築等專業技能，於民國90年11月動工，歷時4月有餘，於91年3月底峻工。
馬祖係以「媽祖」而命名，「媽祖娘娘」是閩台地區民眾普遍敬仰、膜拜的神明，也因此台澎金馬地區四處皆有「媽祖」廟供民眾敬奉。「媽祖」亦是漁民之守護神，但是迄至目前尚無專門介紹「媽祖」的展示館殊為可惜。而馬祖目前最欠缺的就是整個台澎金馬地區獨一無二，令人非看不可，而且僅有馬祖有，其他地方沒有的展示館。因此若能在台澎金馬地區首先建造規劃設計細緻之「媽祖」館，除可令人瞭解「媽祖娘娘」，學習「媽祖娘娘」的孝道精神，體驗「媽祖娘娘」偉大的情操，以及認識海洋(漁業)之外，亦可為馬祖建立聞名中外之觀光景點，連帶之商機(如紀念品販售等)不可計數。
2.芹壁人文聚落
早年芹壁村村居以捕蝦皮為生，豐沛的魚類資源使得辛勤工作勤儉持家的漁戶累積下傲人的財富，紛紛經營起舒適的居住環境，村落型態為北竿之最。該村的建築大都背山而建，隨山勢拔起呈階梯狀向上發展，多數建築採用高級花崗石條為材，雖經數十年風吹雨淋仍屹立不搖。傳統的閩東式建築，往往在山牆窗櫺間表現出匠心獨具，顯見早年的繁華富裕。
3.牛角人文聚落
復興村素有「戰地九份」之稱也是觀光客必遊之地，其舊名「牛角」，以當地之復興橋為界，復興橋之左側稱為「六間排」，右邊稱為「牛角澳」，在東面山勢上的小聚落，稱為「牛角陂」。牛角村最大的特色，就是牛角嶺的崢嶸怪石，聳直難攀的地勢上還建有一棟棟的石屋，加上經海水侵蝕如犬牙交錯的海崖，為當地的戰地風情添加險要的氣勢。
馬祖地區傳統閩東濱海建築的漁村聚落非常多，有極高觀光價值，倘能夠透過整體規劃設計，徹底展現漁村新風貌，用之以觀光民宿、咖啡廳等方面，咸信此為台澎金馬地區，馬祖僅有，獨一無二之休閒體驗之旅，觀光價值非凡。
4.北海坑道
北海坑道是一座由花崗岩壁鑿成的井字形水上坑道，於民國九十九年峻工。全長約700公尺，走完一圈大概需要30分鐘。坑道內可停泊一百多艘小艇，專供戰時補給調度，保護砲艇，保存戰力之用。
5.東犬燈塔
清道光二十二年，鴨片戰爭失敗，清廷被迫開放五口通商，其中亦包括福州在內，閩海因而成為洋船航線的要衝；而由於閩江口遼闊，島礁亦多，遇霧季更加危險，於是在同治十三年(1872年)建東犬燈塔一座。該燈塔現址為莒光鄉東莒島福正村。內政部亦於民國77年11月公告列為二級古蹟，目前隸屬財政部關稅總局。
6.東湧燈塔
十九世紀末，滿清政府在列強進逼下，大開中國通商口岸。光緒二十五年，貿易之風興盛，航運需求加上光緒二十七年發生「蘇布輪號」船難，於是籌建「東湧燈塔」，至光緒三十年(1904年)落成啟用。這座燈塔座落於東引樂華村太白天聲北側山腰，高14.2公尺，是大陸福州航區的最後一座燈塔，與莒光的東犬燈塔共扼閩江口門，為福州航區的重要航標。民國77年獲內政部評定為國家三級古蹟，目前隸屬財政部關稅總局。
7.大埔石刻
位於東莒老頭山的大埔石刻，是為了紀念當年明朝萬曆年間的總兵沈有容不費一兵一卒擒倭寇69人的英勇事蹟。石刻原文為「萬曆疆梧大荒落，地臘後挾日宣州沈君有容獲生倭六十九名於東沙之山，不傷一卒，閩人董應興題此。」計41字。該事件係發生於1566年，內政部亦於民國77年將其列為三級古蹟，屬碑碣類。
(四)生物多樣性生態旅遊
1.賞鯨豚
馬祖海域發現鯨豚出沒之蹤跡，是一件令人興奮的事。惟目前對馬祖海域鯨豚之生態、棲性等尚未有一定瞭解。等對鯨豚有一定的瞭解之後，咸信賞鯨豚將來可在馬祖之生態旅遊發展，佔有一席之地。
2.漁業展示館
漁業展示館座落於南竿芙蓉沃沙灘處，原為前連江縣水產試建置，目前隸屬於連江縣政府建設局漁業課。該館面積雖小，但五臟俱全，規劃四個展示廳，主要以文字與圖畫介紹馬祖早年之漁業史、海濱生態動物、海鮮美食、貝類展示、以及大黃魚之標本展示等，此外該館另珍藏了140多瓶海洋生物之標本，為台灣海域難得見到之種類，非常具有學術研究價值。
3.橋仔漁具展示館
橋仔漁具展示館座落於北竿橋仔村橋仔港處，為近年來縣府配合農業委員會漁村新風貌計畫，將廢棄多年的舊酒廠整建成為馬祖首座漁具展示館。目前該館區分為歷史尋根區、漁具展示區、漁村生活展示區等，由各該區展示之圖畫、文字、器具，使遊客可以瞭解橋仔村近百年來之興衰史，該村蝦皮漁業訴說歷史之滄桑，也記載著先民的智慧與冒險犯難的精神，也更加見證橋仔村之繁榮與衰敗。
4.碧園
碧園位於有馬祖小植物園之稱，園內奇石林立、林木蒼翠，環境優雅，保有許多原生物種，如薄葉嘉賜木、海桐、南丹參、其中蕨類植物頗多，如圓蓋陰石蕨、闊鱗鱗毛蕨及瓦葦等。
(五)推動露營、烤肉、觀星體驗活動
馬祖地屬離島，遠離城市之空氣污染，馬祖夜晚的星空純淨無暇，用肉眼即可眺望美麗之銀行，極適合野外觀星的體驗活動，搭配望遠鏡、星座圖的使用，並輔以導覽解說人員的解說，從此一覽星空不再是夢。另外可以輔以露營、野炊烤肉、大地遊戲、夜遊等之活動，避免觀星活動過於單調。
(六)推動馬祖傳統美食養生餐
享受美食是現代人的喜好，然而多數之美食普遍存在了高油脂、高膽固醇之問題，享用美食後帶來的文明病，更是令人擔憂。因此，如何吃的清淡、健康、營養又美味，更是現代人所共同追求的。馬祖地區之傳統美食有別於台灣，有其特有之風味與特色，如果能在菜單上的菜色做點小變化，輔以馬祖當地新鮮無農藥的蔬果，推出馬祖健康養生餐，咸信對行銷馬祖，帶動地區旅遊有一定之助力。
五、結語
生態旅遊無疑已成為觀光旅遊業發展的另一項重點，從許多旅行社紛紛推出生態旅遊專案就可看出這股趨勢潮流。
但是法令規範的闕如，以及因觀光成長所帶來的種種負面影響，卻可能使原本立意甚佳的生態旅遊「形式」成了「實質」破壞生態、剝削大自然的兇手。試想想，南極再大，如果同一時間有幾十、甚或幾百艘的賞鯨或觀光船出現，上面還載著幾百幾千想親近大自然的遊客，不要說看不到海豚、巨鯨，大概連皇帝企鵝都孵不出小企鵝了。這不是玩笑，儘管收費驚人，在1998?99年間仍有將近9,000人造訪南極大陸。
環境保護，永遠沒有簡單的答案。生態保育，不是有錢就能達成、能完全適用資本主義遊戲規則的。生態旅遊，的確需要經濟利益使其可長可遠，但本質上，它就已經擺明了它不是一種能一味追求「成長」的產業。不符合生態理念、態度與價值的旅遊行為或活動，怎麼還能稱之為生態旅遊？如何在人類尋幽訪勝的熱望，參訪點的承載力(capacity)、以及維護所有存活於該地的人類或物種的良好狀態(well-being)之間取得平衡，將是發展生態旅遊的最重要考量。
馬祖地區擁有豐富自然生態及人文歷史資源，為離島地區發展燕鷗生態旅遊的起源地，在其生態環境上有豐沛的自然條件，而如何掌握現有之優勢與契機，提供國人一享受生態之美的生態旅遊環境，則需兼籌並顧的綜合考量生態永續層面、經濟適度的發展、環境承載評估，以及社區共同參與等諸多層面，審慎予以評估，不可一昧經濟掛帥。
2002年生態旅遊白皮書，已為國家生態旅遊之發展勾勒出未來的藍圖，惟各地方政府大都未能依循此架構，規劃出各縣市及鄉鎮因地制宜的發展方向。馬祖地區於推動及編訂生態旅遊政策之同時，應考量整體的發展架構，以規劃出具馬祖地方特色及活力的生態旅遊白皮書，以促進馬祖地區生態旅遊業之健全發展。
生態旅遊之發展在台灣才剛起步，定義上、推行面上目前仍非常模糊，而馬祖有好山、好水不能夠再度被以往粗糙的觀光政策所糟塌。因此，社區發展協會在未來生態旅遊之發展佔非常重要之角色，倘若社區發展協會能夠讓社區居民認同、支持生態旅遊之觀光模式，進而影響當地、中央政府之觀光政策，能以「小而美」的生態旅遊發展方式，取代以往粗俗的大眾旅遊政策。
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