馬祖地區於民國62年軍管時期在縣政府民政科下成立地政機關，開始辦理土地登記事務，但因未公布地籍圖，未將全縣土地編列地號，讓人民無從申請登記，因此只完成全縣家戶十分之一的土地登記，不符土地法的規定，需要重辦土地總登記。
又馬祖地區於民國45年開始實行戰地政務，至81年終止戰地政務後，回歸民主法治，縣政府才開始辦理土地總登記前的地藉調查及測量，83年雖增訂了安輔條例第14條之1條文，表示要將占用土地還地於民，結果還未公告土地總登記，就於87年廢止了安輔條例，俟公告土地總登記，人民因軍事原因喪失占有的土地，少了法源依據，都被軍方給登記走了，軍方雖表示要依測量結果還地於民，但一再出爾反爾對人民申請案件提出異議，進而起訴人民，人民因占有中斷，不符土地法第54條和平繼續占有之規定，都嘗到敗訴的苦果，這都因為行政作業的瑕疵，誤了人民土地登記的機會，行政機關顯有違反誠實信用原則之虞。
民國99年1月11日內政部召開了「解決馬祖地區土地相關問題」專案小組第二次會議決議說：「安輔條例增訂第14條之1公布施行前，已提出土地總登記測量申請，而於該條文公布施行期間登記處理程序尚未終結之案件，衡諸立法目的、體系解釋及平等原則，應有安輔條例之適用，不因其後該條例之廢止（87年6月26日）而受影響。」（內政部99年3月8日內授中辦地字第0990723937號函。）遺憾的是這些有安輔條例適用的案件，都遭到連江縣地政事務所全面否決，至今未辦。對人民申請登記案件，反都以期間不合，沒有安輔條例適用駁回；對訴願決定有安輔條例適用的案件，照樣以地上有軍事設施駁回；對國防部軍備局，或財政部國有財產署等機關起訴人民的案件，都答覆法院說：「是無主土地公告才提出申請的。」跟本不查人民申請案件，有沒有在安輔條例增訂第14條之1公布施行前，提出土地總登記測量申請，所以這則解釋等同具文。
又民國101年2月9日內政部召開了「解決馬祖地區土地相關問題」專案小組第四次會議決議說：「一、馬祖地區未完成登記之土地，於連江縣地政機關成立前已具備民法第769條或第770條規定之條件者，依民法物權編施行法第九條規定，自時效完成得請求登記之日起，應得視為所有人，且地政機關勿須審查其自地政機關成立後以迄登記完成時，有否和平繼續占有之事實，並於經審查無誤後逕依土地法規定逕行公告，公告期滿無人異議即予產權登記；如有權利爭執之異議，則依土地法第59條第2項規定處理。二、上開決議之見解不適用於已完成登記之土地，以維護登記之安定性，但個案如經法院判決應予塗銷登記者，尊重該判決結果。」這則「視為所有人」的解釋函，連江縣政府表示，只要是在62年7月31日地政機關成立前完成時效，在重辦土地總登記期間提出申請，就符合條件；但法務部的解釋乃要和平繼續占有，才有適用。這次離島建設條例第9條修正案，又沒有修到未完成登記土地部分，將來結果如何，前途未卜，就看政府的誠信了。
隨著民法總則的修正，誠實信用所生的特別權利及法律地位，已不只侷限於債權、債務的關係，也已擴大到請求權、形成權、抗辯權（如消滅時效抗辯）等。誠信既是待人處事最基本的原則，政府施政更不能失信於民。行政院既已作出對人民有利的解釋，就應有拘束所屬各機關的效力。誠摯的期盼我們的國防部軍備局、財政部國有財產署能夠節制，不要再有出爾反爾的行為，破壞相對人的正當信賴，不要再阻擋人民申請土地登記，及早配合還地於民政策。況，馬祖地區在實行戰地政務期間，是我國軍事戰地前線，隨兩岸和平及開放交流趨勢，前線戰地政務已終止，為使當地資源可以有效利用，政府更應致力推動還地於民，讓民眾可依法申請取得屬於自己祖先的土地。
因為，民國42年4月農復會輔助金門縣辦理地籍測量及土地總登記，成立各鄉鎮地政事務所，43年8月合併成立金門縣地政事務所，土地相關權責單位完備。
同樣施實戰地政務的馬祖，遲至民國62年在民政科下設地政股，65年3月10日才開始辦理半吊子的土地總登記。此時，本縣尚未成立地政事務所。戰地政務終止後，民國82年本縣才成立地政事務所，足足比金門晚了40年。
由於續修縣志，有關本縣辦理土地總登記及測量等，大事記初稿如下，提供朱兄和大家參考：
民國65年3月10日：本縣首次辦理土地總登記，開始受理登記。
民國65年4月9日：本縣首次辦理的土地總登記，截止登記。
民國65年5月11日：本縣首次辦理的土地總登記，總共測竣土地面積26543公畝、土地11582筆，並核發土地所有權狀9510張。
（全縣土地總登記，無地政事務所，時間只有一個月，合法嗎？）
民國66年1月：縣府辦理東引鄉土地總登記。
民國74年3月30日：縣府補辦土地總登記，為期1年，截止日期為民國75年3月31日。
民國75年3月31日：縣府辦理土地總登記最後一天，全縣6千多筆土地只完成3千筆登記，土地登記率約50%。
（即使補辦全縣土地總登記，為期一年，但也只完成一半。）
民國83年2月1日：辦理全縣未登記土地重新測量。
民國83年3月17日：全縣地籍圖重測及未登記土地作業巡迴說明會，首場在東引舉行。
（此時地政事務所已成立）
民國84年2月7日：連江縣地政事務所展開南竿鄉未登記土地實地調查。
民國87年5月1日：連江縣地政事務所人員進駐東引鄉公所，辦理土地總登記。
民國88年6月5日：北竿鄉開始辦理土地總登記，至7月15日截止。
為何馬祖發生的土地爭議，金門不曾發生？wrote：
簡單的說，就是因為終止戰地政務之後，連江縣政府接收了許多戰地政務期間軍方未辦軍事徵用，或徵收補償的私有土地，不願意還給鄉親，才故意用重辦土地總登記拖延。土地法只允許辦一次土地總登記，有視為所有人適用的也只有第一次，我們的連江縣政府可以辦四次，會有法律效力嗎？況，所訂的作業要點、查核準則內政部都沒有准予備查，也執行好好的，執法機關變成了立法機關，還在自欺欺人，實在可笑。
金門地區43年開始辦理土地總登記，就先有了全縣的地籍圖，按地籍圖作地籍調查測量產出地籍清冊，永久保存。也因為土地總登記的前置作業做的相當落實，所以爭議並不大。83年增訂了安輔條例第14條1，地政機關除了接受人民申請外，並主動翻閱地籍清冊，通知原申請人指界測量，人民在這一階段討回了不少土地，未能於安輔條例施行期間討回的多為雷區範圍的土地，隨著這次離島建設條例第9條修正案的通過，應可有效解決土地問題。
反觀，馬祖地區從65年開始土地總登記到83年辦理地籍調查、測量，地政機關都還沒有全縣的地籍圖，土地總登記期間地政機關委託中華測量學會作的地籍調查資料，大多數都沒有繳回地政事務所繪圖，地政事務所內部管理顯然出了問題，就這樣種下今天土地登記的亂源。另99年1月11日內政部召開了「解決馬祖地區土地相關問題」專案小組第二次會議決議說：「安輔條例增訂第14條之1公布施行前，已提出土地總登記測量申請，而於該條文公布施行期間登記處理程序尚未終結之案件，衡諸立法目的、體系解釋及平等原則，應有安輔條例之適用，不因其後該條例之廢止（87年6月26日）而受影響。」但是，至今地政事務所尚未查出有那些案件有在安輔條例施行前提出測量申請，適用安輔條例，更遑論通知原申請人了，這就是馬祖土地的災難，各位鄉親您說荒謬吧！像這樣七零八落不用心的團隊，我們還能期待他們會有什麼表現？
金門和馬祖同為戰地前線，金門地區人民的財產已經得到充分的保障，也將村莊近郊的土地改變了使用分區，而馬祖地區還在辦理土地總登記中，進度嚴重落後金門，人家是怎麼辦到的，希望我們的連江縣政府能夠多向金門縣政府取經，及早落實還地於民。
戰地政務解除二十餘年了，金門和馬祖最大的不同，就是金門地區在縣政府積極的努力下，權狀一筆一筆的發，老百姓已經沒有怨言；但是馬祖地區人民的土地就沒有那麼幸運了，鄉親申請的土地登記案，地政事務所跟本不承認有在安輔條例施行前提出申請，任憑軍備局，或國有財產署起訴人民，結果是一件一件的把你送進法院，還說人民竊占國土，當然是一肚子的民怨囉！
民國65年3月10日：本縣首次辦理土地總登記，開始受理登記。
民國65年4月9日：本縣首次辦理的土地總登記，截止登記。
民國65年5月11日：本縣首次辦理的土地總登記，總共測竣土地面積26543公畝、土地11582筆，並核發土地所有權狀9510張。
（全縣土地總登記，無地政事務所，時間只有一個月，合法嗎？）wrote：
節錄相關法條說明：
土地法第 48 條土地總登記，依左列次序辦理。
一、調查地籍。
二、公布登記區及登記日期。
三、接收文件。
四、審查并公告。
五、登記發給書狀并造冊。
土地法第 49 條每一登記區接受登記聲請之期限，不得少於二個月。
土地法第 50 條土地總登記辦理前，應將該登記區地籍圖公布之。
民法物權編施行法
第 3 條 民法物權編所規定之登記，另以法律定之。
物權於未能依前項法律登記前，不適用民法物權編關於登記之規定。
第 8 條 民法物權編施行前占有不動產而具備民法第七百六十九條或第七百七十條之條件者，自施行之日起，得請求登記為所有人。
第 9 條 依法得請求登記為所有人者，如第三條第一項所定之登記機關尚未設立，於得請求登記之日，視為所有人。
由以上法律條文我們可以知道：
1、土地總登記接受登記聲請之期限，不得少於二個月。所以連江縣政府公告一個月是違法的。
2、土地總登記辦理前，應將該登記區地籍圖公布之。查65年時連江縣政府手上跟本沒有地籍圖，怎麼能辦土地總豋記，真是匪夷所思。
3、65年的土地總登記既是沒有一項符合總登記的條件，但公告之日即為得請求登記之日，已得到確認，就這樣奪走了人民「視為所有人」的法律地位，真的讓人難以置信呀！這是政府不讓人民登記土地，還以偷天以換日移花接木的方法搶奪民地的開始，凡走過必留下痕跡，歷史在說話了。
誠信既是民法的帝王條款，有什麼比「真誠」更重要，如此奸巧欺騙馬祖人民，人民好無奈呀 !
